西洋医学が、病気の原因をウイルスなど体の外部にあると考えるのに対し、中国医学では、体の内部環境の乱れが先にある。それが原因で直接病気になったり、それに乗じて外部環境邪気（ウイルスなど）が体に入りこみ、体に排除できない要因があるから症状が起こる。この発病のメカニズムは、体のなかの「邪気と正気」「陰と陽の失調」という二つ要因で説明するものである。
邪気と正気の闘い
外から侵入してきた邪気（ウイルスなど）と人体の正気（抗病能力、免疫力）との相互作用している。これは疾病の発生と発展に関与しているだけでなく、疾病の予後や転帰をも決定するものである。疾病の発生～転帰は邪気と正気の闘いの過程でもある。
①地邪気による正気の損傷の場合
邪気は体表から体内へ浅いことろから深いところへ侵入していく。発病になると考えている。
②正気の抗邪反応の場合
邪気（邪のこと。たとえば六淫もその一つ）が正気を損傷し、正気が邪気に抵抗防御する反応のことで、邪気によってひき起こされた臓腑気血の乱れと、人体自身の陰陽の調節作用としてあらわれる。これも発病の原因となっている。
陰陽失調による発病
病位の段階は陰陽失調の病状の軽重を表す
中国医学では陰陽失調により体のバランスが崩れると考えている。陰陽失調が寒熱の病変をひき起こす。人体の陰と陽の正常な関係が乱れると陰陽の偏盛偏衰があらわれ、五臓六腑や気血津液の機能も異常になって、発病の原因となる
陰陽失調は基本的には二種類に分ける。一つは有余で実証といい、もう一つは不足で虚証といっている。この二種類はどちらも陰陽が相対的平衡を失ったものである。
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